三代测序ONT的上游＋下游处理全流程代码 | ExctOcean🌊
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三代测序ONT的上游＋下游处理全流程代码

发表于 2025-01-23|更新于2025-02-16|RNA-seq
|字数总计:16|阅读时长:1分钟|阅读量:
三代测序ONT的上游＋下游处理全流程代码
https://exctocean.us.kg/posts/15b95228.html
作者
ExctOcean🌊
发布于
2025-01-23
更新于
2025-02-16
许可协议
CC BY-NC-SA 4.0
三代ONT测序
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目录
  1. 1. 三代ONT数据处理
    1. 1.1 Pychopper获取全长转录本序列
    2. 1.2 Nanofilt过滤得到合适转录本
    3. 1.3 Minimap2组装好过滤后的转录本
    4. 1.4 Pinfish生成一致性序列（去冗余、纠错）
    5. 1.5 Stringtie组装转录本
  2. 2. 新转录本发现与分析
    1. 2.1 Gffcompare比对参考组
    2. 2.2 TransDecoder进行编码功能预测
    3. 2.3 数据库注释
    4. 2.4 LncRNA预测
  3. 3. 转录本结构分析
    1. 3.1 可变剪切分析
    2. 3.2 APA可变多聚腺苷酸化分析
      1. 3.2.1 准备文件
      2. 3.2.2 输入文件
    3. 3.3 融合转录本分析
      1. 3.3.1 准备注释文件(放在JAFFAL下)
      2. 3.3.2 分析
    4. 3.4 SSR分析及引物设计
      1. 3.4.1 修改misa源文件
      2. 3.4.2 运行
  4. 4. 转录本下游分析（差异表达分析）
    1. 4.1 差异表达分析
    2. 4.2 GO&&KEGG富集分析

格言🧬

------因为害怕玫瑰上的刺而否定玫瑰本身，进而远离花园，那会是多么遗憾的一件事啊🌹
为世界上所有美好而战！

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